1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接产生混乱。这一异常现象也引发了地球上一系列奇怪的自然现象：东南亚地区出现了长时间的干旱，导致池塘全部干涸；中东地区则遭遇了连绵不断的大雨，引发了洪水灾害；而美国则经历了有史以来最严寒的冬天。在这个背景下，一个11岁的少年八神太一（藤田淑子配音）和他的伙伴石田大和（风间勇刀配音）、武之内空（水谷优子配音）、泉光子郎（天神有海配音）、太刀川美美（前田爱配音）、城户丈（菊池正美配音）和高石武（小西寛子配音）一起参加了夏令营。然而，一次意外却将他们神秘地送到了一个多彩的数码世界。在数码世界中，他们获得了名为“数码宝贝”的神奇伙伴。当他们进入数码世界后，八神太一一行人遇到了凶狠的怪兽贝壳兽。就在大家即将被抓住的危急时刻，太一的亚古兽突然进化成了暴龙兽，并成功拯救了他们。这引发了他们对进化现象的好奇和思考。同时，他们也开始探索数码世界的真相。数码世界究竟是什么？进化现象又是如何发生的？这些谜团将在被选中的小朋友们面前逐渐揭开，一场精彩的冒险也由此展开……
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